晋元帝

永兴二年（305年），东海王司马越起兵讨伐在 长安 （今陕西西安）挟帝掌政的河间王司马颙，就假司马睿为辅国将军；不久司马越统兵西进，加司马睿平东将军、监徐州诸军事，让他留镇下邳（今 江苏省 邳州市 ）。在下邳期间，司马睿就请了昔日在洛阳力劝自己返回封国的 王导 担任自己的司马，并让他为自己出谋划策 。永嘉元年（307年），司马睿听从王导及东海王妃裴氏的建议 ，将驻地由下邳迁至东吴故都 建邺 （今江苏省 南京市 ），并获 晋怀帝 进为假节、安东将军、都督扬州江南诸军事 。但司马睿初到建邺时未得江南士族礼敬，整整一个月都无人来访，在王导及王敦的协助下终在江南士族中建立起声望，司马睿亦因而选任顾荣、贺循等江南士族领袖为僚佐，与王导、刁协等侨姓士族合作治理江东。司马睿虽为皇族，然全因着王导、王敦而得江东人拥戴，遂为当时人称“王与马，共天下” 。

永嘉四年（310年）十一月，镇东将军 周馥 以洛阳孤危，上书请晋怀帝迁都 寿春 （今 安徽省 寿县），此举因未有先询问过主政的太傅司马越而令对方大怒。周馥早前派了淮南太守 裴硕 领兵赴司马越以应付对方对二人的征召，此时裴硕就宣称得到司马越的密令，让他讨伐擅命的周馥，转向进攻寿春。裴硕败予周馥，被逼退守东城并向司马睿求援，司马睿遂派了扬威将军 甘卓 及建威将军 郭逸 领兵进攻寿春。永嘉五年正月，周馥守了十日而败，出逃项县为新蔡王 司马确 所拘，不久则忧愤而亡 。五月又进号镇东大将军、开府仪同三司 。但六月就发生了 永嘉之乱 ，洛阳失陷于 汉赵 且晋怀帝被俘，时司空荀藩逃到 荥阳 并移檄天下，推了司马睿为盟主。司马睿以盟主身份承制改易江州官员任命，但向来以洛阳怀帝政府尚在而拒绝接受司马睿命令的江州刺史华轶再次不听命，司马睿便派王敦统领 甘卓 、 周访 、 宋典 及 赵诱 等军讨伐华轶，华轶领兵积极抵抗，却在 卫展 及 周广 担任内应之下遭到突袭，兵败被杀 。永嘉六年（312年），晋怀帝在汉赵都城 平阳 （今山西省临汾市）被杀，消息在建兴元年（313年）四月传到长安后 晋愍帝 以皇太子即位为帝，并在五月壬辰日（6月27日）进侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，与大都督陕西诸军事的右丞相南阳王 司马保 分陕而治 。建兴三年（315年）进位丞相，大都督中外诸军事。

永嘉四年（310年）周馥提议迁都寿春得罪司马越，裴硕战败后向司马睿求援，司马睿派兵击败周馥。次年六月发生永嘉之乱，洛阳被汉赵攻陷，晋怀帝被俘。

司空荀藩逃到荥阳，移檄天下推司马睿为盟主。江州刺史华轶不听从司马睿命令，司马睿派王敦讨伐，华轶在内应夹击下兵败被杀，司马睿巩固江东统治。

晋怀帝被杀后晋愍帝在长安即位，先后进司马睿为左丞相、大都督陕东诸军事，建兴三年（315年）进位丞相，大都督中外诸军事。